Billings
São Paulo Metropolitan Region
Metagenomic and environmental data are being organized and will be added after publication of the scientific results.
STEVANILAB← Back to projectsEnvironmental genomics · Atlantic Forest
Life beneath
the surface.
Reading environmental DNA to reveal microbial biodiversity and metabolic potential across freshwater ecosystems.
01 / The project
Mapping an invisible ecosystem.
Started in 2020, the Environmental Metagenomics project investigates the biodiversity of microorganisms and metabolic genes in freshwater bodies, with a special focus on the Atlantic Forest biome. By sequencing DNA directly from environmental samples, the team can study organisms that cannot easily be cultivated in the laboratory and connect taxonomic diversity with ecological function.
Iniciado em 2020, o projeto de Metagenômica Ambiental investiga a biodiversidade de microrganismos e genes metabólicos em corpos d’água, principalmente no bioma da Mata Atlântica. O DNA obtido diretamente das amostras ambientais permite revelar organismos de difícil cultivo e relacionar diversidade taxonômica e função ecológica.
02 / Sampling sites · Locais
Reservoirs and ancient
forest ponds.
Reservoirs · Reservatórios
Metropolitan water supply systems.
Guarapiranga
São Paulo, SP
The interactive Krona profile from the 2020 sampling is available. Data from the 2023 to 2025 campaigns will be added after publication.
Cantareira
Águas Claras Reservoir
Metagenomic and environmental data are being organized and will be added after publication of the scientific results.
Rio Grande
São Paulo Metropolitan Region
Information and data from this reservoir will be added after publication of the scientific results.
Gestão e Disponibilização de Dados de Pesquisa
Estudo metagenômico dos microbiomas de reservatórios de água para abastecimento público da Região Metropolitana de São Paulo
- Processo FAPESP
- 2022/03548-6
- Pesquisador responsável
- Prof. Dr. Renato Sanches Freire
- Instituição
- Instituto de Química · Universidade de São Paulo (IQ-USP)
Descrição dos dados
O projeto gerou dados de sequenciamento metagenômico de amostras de água coletadas nos reservatórios Águas Claras (Sistema Cantareira), Billings, Guarapiranga e Taiaçupeba, durante campanhas realizadas nos períodos chuvoso e seco de 2023, 2024 e 2025.
Os conjuntos de dados compreendem sequências de DNA ambiental, montagens metagenômicas, informações de classificação taxonômica e anotação funcional, além de dados físico-químicos e ambientais associados às campanhas de amostragem.
Disponibilidade e acesso aos dados
Os dados encontram-se atualmente em fase de organização e preparação para disponibilização pública, prevista para ocorrer após a publicação dos resultados científicos correspondentes.
Conforme estabelecido no Plano de Gestão de Dados aprovado, os metagenomas serão registrados no Genomes OnLine Database (GOLD), mantido pelo Joint Genome Institute (JGI).
Repositório previsto: gold.jgi.doe.gov ↗
Até a conclusão do depósito público, pesquisadores interessados poderão solicitar informações sobre os conjuntos de dados e suas condições de acesso ao pesquisador responsável pelo email rsfreire@iq.usp.br. As solicitações serão avaliadas considerando sua finalidade científica e as condições de compartilhamento previstas no Plano de Gestão de Dados do projeto.
Após a disponibilização pública, esta página será atualizada com os identificadores e links específicos para acesso aos conjuntos de dados depositados.
Ponds · Lagoas
Freshwater environments in the Atlantic Forest.
Lagoa Vermelha
Apiaí, SP · PETAR
A millenary natural pond within the Atlantic Forest in Alto Ribeira Touristic State Park.
Lagoa Grande
Iporanga, SP
A millenary natural pond in the Atlantic Forest near Bairro da Serra.
Lagoa de Furnas
Iporanga, SP
An artificial pond created in the 1950s and surrounded by Atlantic Forest.
03 / Research network
A collaborative view
of microbial diversity.
Cassius V. Stevani ↗
IQ–USP
Douglas M. M. Soares ↗
UNESP
Etelvino J. H. Bechara ↗
IQ–USP
João C. Setubal ↗
IQ–USP
Lara Urban ↗
Universität Zürich
Renato S. Freire ↗
IQ–USP
Samir V. F. Atum ↗
Doctoral researcher
04 / Publications
Research from the project.
Exploring the Microbiota of the Guarapiranga Water Reservoir With Long-Read Sequencing Technology
D. M. M. Soares, S. V. F. Atum, E. J. H. Bechara, J. C. Setubal, C. V. Stevani & R. S. Freire · Frontiers in Marine Science 8:791101 · DOI 10.3389/fmars.2021.791101